La Dirección de Ajuste y Liquidaciones está compuesta por:
Departamento Ajustes y Liquidaciones de Educación Inicial, Primaria, Especial y de Jóvenes y Adultos.
Departamento Ajustes y Liquidaciones de Educación Secundaria, Técnico Profesional y Superior.
Departamento Ajustes y Liquidaciones de Educación de Gestión Privada
Departamento Administrativo, Asignaciones y Descuentos de Liquidaciones.
Departamento Auditoría Interna